Mit der Mobilmachung der Schweizer Armee anfangs September 1939 brach für den Musikverein erneut eine sehr schwierige Zeit an. Ein Grossteil der Bläser stand im Aktivdienst. So waren beispielsweise an der Generalversammlung vom 28. Oktober 1939 nur 16 Mitglieder anwesend, während 11 Musikanten für die Heimat ihre Pflicht taten. Um die Lücken im Vorstand zu schliessen, mussten Ersatzleute bestimmt werden. Bei dem veränderten und ständig wechselnden Bestand fiel es schwer, regelmässig Proben abzuhalten und oftmals schien es, auch denjenigen, die zugegen waren, fehle die Zeit für die Pflege der Musik. Auf den Daheimgebliebenen lastete nämlich eine immense Arbeitslast, denn es waren nicht nur die Arbeitskräfte wettzumachen, welche nun im Dienst standen, sondern es musste auch die Anbauschlacht geschlagen werden, um das Volk ernähren zu können. Es war ein Glücksfall für den Verein, in diesen Jahren in Robert Steiner eine starke Präsidentenpersönlichkeit zu besitzen, die mit nie erlahmender Kraft, zielbewusst das Beste zu erreichen versuchte. Steiner verstand es, mit Geschick manche Schwierigkeiten zu meistern und weitblickende Lösungen zu finden. Als verdiente Anerkennung erkoren ihn seine Kameraden 1942 zu ihrem Ehrenpräsidenten. Im Februar 1940 wurde anstelle einer Abendunterhaltung ein Wohltätigkeitskonzert im Löwensaal durchgeführt. Der Ertrag aus diesem Anlass liess man den Wehrmännern Pfungens zugute kommen.
